Trình tự bisulfite là gì?

Trình tự Bisulfite là một phương pháp trong đó các vùng DNA khác nhau được phân tích bằng cách sử dụng methyl hóa.Quá trình methyl là quá trình thêm một phân tử cụ thể, được gọi là nhóm methyl, vào nucleotide, trong trường hợp này thường là một cytosine.Các nucleotide không hoạt động thường được methyl hóa, vì vậy phương pháp này có thể được sử dụng cho nhiều mục đích khác nhau, từ việc xác định các vùng hoạt động của bộ gen đến xác định các vùng giàu gen.Trong trình tự bisulfite, các cytosine bị methyl hóa không bị ảnh hưởng bởi quá trình giải trình tự, trong khi các cytosine không methyl hóa được chuyển đổi thành uracil, một nucleotide thường không tìm thấy trong vật liệu di truyền, axit deoxyribonucleic (DNA.)Sự methyl hóa, vì vậy những thay đổi nhỏ trong liên kết có thể cung cấp cho các nhà nghiên cứu thông tin cụ thể về các nucleotide cụ thể.Natri bisulfite chuyển đổi cytosine thành uracil, nhưng việc chuyển đổi xảy ra trong một môi trường nơi cytosine bị methyl hóa sẽ không trải qua sự thay đổi này.Khi trình tự bisulfite hoàn tất, DNA ban đầu đã được chuyển đổi thành một phân tử khác nhau đáng kể.Các cytosines sẽ bị suy giảm rất nhiều hoặc có khả năng vắng mặt.Nếu một cytosine vẫn được tìm thấy trong phân tử được chuyển đổi này, nó đại diện cho một cytosine bị methyl hóa tự nhiên trong bộ gen đang được xem xét.

Giống như tất cả các giao thức thử nghiệm, trình tự bisulfite có nhược điểm.Hạn chế quan trọng nhất của nó là nó đòi hỏi nồng độ muối rất cao để hoạt động đúng.Muối khuyến khích ủ DNA sợi đơn vào chuỗi xoắn kép tự nhiên hơn của nó và natri bisulfite không thể luôn đến các cytosine khi chúng là một phần của DNA sợi đôi.Nếu nồng độ muối quá cao, một số cytosine có thể không được chuyển đổi thành uracil, dẫn đến việc xác định sai các cytosine bị methyl hóa trong một bộ gen.Các tác nhân biến tính có thể là cần thiết để giảm thiểu số lượng nhận dạng dương tính giả. Một lượng lớn dữ liệu gen là không cần thiết cho giải trình tự bisulfite, do đó, phương pháp này có một ứng dụng hữu ích phân tích các mẫu lâm sàng.Nguồn axit nucleic ban đầu không quan trọng, nhưng nguồn phải là DNA.Về lý thuyết, axit ribonucleic (RNA) có thể được giải trình tự bằng phương pháp này, vì hầu hết RNA bị mắc kẹt và sẽ không dễ bị tích cực vì các nucleotide bị chặn.Tuy nhiên, khi được đưa vào thực tế, trình tự bisulfite không hữu ích cho RNA, bởi vì RNA tự nhiên có uracil trong đó.Nếu không có một số loại đánh dấu bên ngoài hoặc bổ sung vào giao thức, các cytosine được chuyển đổi sẽ không thể phân biệt với uracil tự nhiên. Khi thực hiện bất kỳ loại phương pháp giải trình tự nào, độ chính xác và độ chính xác là rất cần thiết.Các phương pháp nhạy cảm như giải trình tự bisulfite cung cấp một phương tiện phân tích trình tự đáng tin cậy, từ đó cho phép phân tích gen và xác định các mục tiêu cho thuốc và liệu pháp.Mặc dù phương pháp này không thể được sử dụng cho người sống, nhưng nó vẫn có thể giúp ích rất nhiều khi chỉ có các mẫu mô nhỏ nhất để làm việc.