Mi a biszulfit szekvenálás?

A biszulfit szekvenálás olyan módszer, amelyben a DNS különböző régióit metilezéssel elemezzük.A metilezés egy specifikus molekula, amelyet metilcsoportnak neveznek nukleotidhoz, ebben az esetben általában citozin.Az inaktív nukleotidokat gyakran metilálják, így ezt a módszert különféle célokra lehet használni, a genom aktív régióinak meghatározásától a génben gazdag régiók azonosításáig.A biszulfit szekvenálás során a metilezett citozinokat nem befolyásolja a szekvenálási eljárás, míg a nem metilezett citozinokat uracilré alakítják, egy nukleotidot, amelyet általában nem találnak a genetikai anyagban, a dezoxiribonukleinsavban (DNS.)Metilezés, így a kötés kis változásai speciális információkat adhatnak a kutatóknak az egyes nukleotidokról.A nátrium -biszulfit a citozint uracilré alakítja, de az átalakulás olyan környezetben történik, ahol a metilezett citozin nem megy keresztül ezen a változáson.Amikor a biszulfit szekvenálás befejeződött, az eredeti DNS -t szignifikánsan eltérő molekulává alakították.A citozinok jelentősen kimerülnek vagy potenciálisan hiányoznak.Ha citozin még mindig megtalálható ebben a konvertált molekulában, akkor ez természetesen metilezett citozint képvisel a vizsgált genomban.A legjelentősebb hátránya, hogy a megfelelő működéséhez nagyon magas só koncentrációra van szükség.A só ösztönzi az egyszálú DNS lágyítását a természetes kettős hélixbe, és a nátrium-biszulfit nem mindig érheti el a citozinokat, amikor a kettős szálú DNS részét képezik.Ha a sókoncentráció túl magas, akkor számos citozin nem alakulhat át uracilré, ami a metilezett citozinok hamis azonosítását eredményezi egy genomban.A denaturáló szerekre lehet szükség a hamis pozitív azonosítások számának minimalizálásához.Az eredeti nukleinsavforrás nem számít, de a forrásnak DNS -nek kell lennie.Elméletileg a ribonukleinsavat (RNS) szekvenálhatjuk ezzel a módszerrel, mivel a legtöbb RNS egyetlen sodrott, és a blokkolt nukleotidok miatt nem lenne olyan érzékeny a hamis pozitív eredményekre.A gyakorlatba történő bevezetésekor azonban a biszulfit szekvenálás nem hasznos az RNS -hez, mivel az RNS -ben természetesen uracil van.A protokoll valamilyen külső jelölése vagy hozzáadása nélkül a konvertált citozinok megkülönböztethetetlenek a természetes uracil -tól.Az olyan érzékeny módszerek, mint a biszulfit szekvenálás, megbízható szekvencia -elemzést kínálnak, amely viszont lehetővé teszi a génanalízist és a gyógyszerek és terápiák célpontjainak azonosítását.Noha ezt a módszert nem lehet használni az élő embereknél, ez továbbra is nagy segítséget nyújthat a legkisebb szövetmintáknál, amelyekkel együtt dolgozhat.