Mi az a genom adatbázis?

A genom az összes genetikai anyag gyűjteménye, amely egy szervezetben jelen van.Mivel ennek a genetikai anyagnak a szekvenciája és felépítése az egész biológiai életet elősegíti, a tudósok nagyon érdekelnek, hogy megtudják, mire szolgálnak.A genom adatbázis egy vagy több organizmusról szóló, kereszthivatkozott információgyűjtés, tehát egy tudós megnézheti az összes rendelkezésre álló genetikai információt, hogy segítsen neki a kutatásban.információ.A számítógépes adatbázisok tehát az egyetlen gyakorlati módszer a részletek egy helyen történő megszervezésére.Általában ezek online adatbázisként érhetők el a tudományos kutatáshoz.Egy viszonylag új tudományos terület, az úgynevezett

Bioinformatika

úgy alakult ki, hogy tökéletesítse a biológiai adatok számítógépes rendszerek segítségével történő értelmezését. A genomok adatbázisai tartalmazzák a szervezet génjeinek szekvenciáját, ha a teljes szekvencia ismert.Ellenkező esetben részleges szekvenciákat tartalmazhat.Például az emberi, egér és

Drosophila

légy genomokat szekvenáltuk.Ha egy genom szekvenciája ismert, a genetikusok azonosíthatják a genom bizonyos génjeit.Minden gén az egy adott sejttermék utasítási lapja. Ha egy gén mutációval rendelkezik, akkor eltérő szekvenciája van, mint a normál, funkcionális gén.A mutációk hasznosak lehetnek, és hasznos tulajdonságot eredményezhetnek a mutáns szervezetben.Nem különbözhetnek a terméket, vagy káros lehetnek a szervezet normál működésére.Számos egészségügyi állapot például egy adott gén mutációinak köszönhető.

A mutációk felhasználhatók annak kiszámítására is, hogy egy adott faj milyen szorosan kapcsolódik a másikhoz, mivel az idő múlásával több mutáció halmozódik fel.Az egyének a genom szekvenciájában is változhatnak, különösen mivel a genom nagy része nem gének, és nem kódolnak semmilyen alapvető sejtterméket.Egy genom adatbázis egy szekvenciát tartalmaz egy olyan szervezetből, amelyet standardnak neveznek, de az önkényesen kiválasztott szabvány és a faj többi egyének között sok kisebb különbség lesz.

A sok különbség jelenléte ellenére a gének szekvenciákon keresztül felismerhetők.Ha a genetikusok tudják, mit csinál egy adott gén egy szervezetben, akkor egy hasonló szekvenciával rendelkező gén valószínűleg ugyanazt a funkciót látja el.A genetikusok használhatnak egy genom adatbázist, akár egy olyan gén azonosítására, amelyet tanulmányoznak, vagy hogy megtudják, mit csinál a gén.

Minden genom adatbázis kereshető.A tudósok általában a különféle módszerek egyikének egyik adatbázisát kereshetik.Általában beírhatja egy szekvenált gén szekvenciáját.Ezután az adatbázis egy vagy több hasonló szekvenciát talál az összehasonlításhoz.

Az adatbázis egyszerűbb módja magában foglalja egy génkulcs szó keresését, például a gén nevét.A hatóságok, mint például az Egyesült Államok Nemzeti Biotechnológiai Információs Hatóság (NCBI), különálló referenciaszámokat adhatnak szekvenciáknak, és egy genetikus is kereshet egy genom adatbázist ezen azonosítók egyikével.További keresési paraméterek segítségével szűkítheti az eredményeket.A keresztreferencia-információk a legtöbb genom adatbázis jellemzője, és az egyetlen sorrend eredménye az adatbázis felhasználóját hasznos linkekkel is biztosítja a genetikai információkhoz.Egy adott sorrendre vonatkozó információk mellett sok adatbázis biztosítja a szekvencia és az adott terület figyelemre méltó tulajdonságainak vizuális ábrázolását.

A különböző organizmusoknak specifikus genom adatbázisok lehetnek, de néhány nagyobb adatbázis egynél több fajt tartalmaz.Különböző hatóságok vezérlik a rendelkezésre álló különféle adatbázisokat, így az adatbázisok mindegyike különálló formátumokat és keresési képességeket használhat.Ezeknek a hatóságoknak néhány példája az NCBI, az Európai Bioinformatikai Intézet vagy akár az egyes egyetemek.