Τι είναι το πρόγραμμα περιήγησης γονιδιώματος;

Ένα πρόγραμμα περιήγησης γονιδιώματος είναι μια διεπαφή ιστού που χρησιμοποιείται για την προβολή του φυσικού χάρτη ενός χρωμοσώματος.Αυτός ο χάρτης δείχνει πόσο DNA χωρίζει δύο γονίδια, όπως μετράται σε ζεύγη βάσεων.Τα ανθρώπινα χρωμοσώματα κυμαίνονται σε μέγεθος από 50 εκατομμύρια έως πάνω από 250 εκατομμύρια ζεύγη βάσεων.Ένα πρόγραμμα περιήγησης γονιδιώματος παρουσιάζει σχηματικές αναπαραστάσεις ολόκληρων χρωμοσωμάτων καθώς και μεγέθυνση σε σχήματα μεμονωμένων γονιδίων και ακόμη και την πραγματική ακολουθία ζεύγους βάσεων.Πολλά προγράμματα περιήγησης γονιδιώματος επιτρέπουν στον χρήστη να μεγεθύνει το επίπεδο προβολής της πραγματικής αλληλουχίας DNA, αν και η πραγματική χρησιμότητα ενός προγράμματος περιήγησης είναι στην ικανότητα να βλέπουν γονίδια στο ευρύτερο πλαίσιο τους, αντί να βλέπουν την αλληλουχία DNA στο επίπεδο νουκλεοτιδίων.Το μέσο μέγεθος ενός γονιδίου είναι 3.000 ζεύγη βάσεων, οπότε όταν μεγεθύνεται στο επίπεδο του ζεύγους βάσης, ο χρήστης θα δει λιγότερο από ένα ολόκληρο γονίδιο.Το μεγαλύτερο ανθρώπινο γονίδιο, δυστροφίνη, είναι 2,4 εκατομμύρια ζεύγη βάσεων.Αυτό μπορεί να περιλαμβάνει το τμήμα του γονιδίου που μεταφράζεται σε πρωτεΐνη, που ονομάζεται mRNA και αλληλουχίες DNA που έχουν άλλες λειτουργίες εκτός από την κωδικοποίηση για πρωτεΐνες.Το πρόγραμμα περιήγησης γονιδιώματος μπορεί επίσης να δείξει ποια τμήματα του DNA χρησιμοποιήθηκαν στη διαδικασία αλληλουχίας του γονιδιώματος.Δεν υπάρχει ενιαίο πρόγραμμα περιήγησης που να είναι στάνταρ στο πεδίο της γονιδιωματικής, έτσι τα προγράμματα περιήγησης γονιδιώματος μπορεί να διαφέρουν μεταξύ των γονιδιωμάτων που έχουν προσβληθεί από την αλληλουχία.Τα προγράμματα περιήγησης γονιδιώματος έχουν τη λειτουργία του να είναι σε θέση να αναζητήσουν γονίδια ή αλληλουχίες ενδιαφέροντος, επιτρέποντας στο χρήστη να μεταβεί από μια γονιδιωματική θέση σε άλλη.Δεν θα ήταν αποτελεσματικό να μετακινηθείτε σε ένα χρωμόσωμα για να φτάσετε σε μια θέση ενδιαφέροντος, λόγω του πολύ μεγάλου μεγέθους των περισσότερων χρωμοσωμάτων.

Ορισμένα προγράμματα περιήγησης γονιδιώματος έχουν εργαλεία που ονομάζονται γονιδιακές διαλογείς.Αυτό το εργαλείο εμφανίζει έναν πίνακα γονιδίων που σχετίζονται μεταξύ τους.Η σχέση μπορεί να είναι ένας από τους πολλούς τύπους: ομολογία αλληλουχίας, παρόμοιο προφίλ έκφρασης ή γονιδιωματική εγγύτητα.Ο χρήστης αναζητά ένα γονίδιο χρησιμοποιώντας μια λέξη ή φράση, επιλέγει τον τύπο της σχέσης που θα ήθελε και ο ταξινομητής γονιδίων εμφανίζει τα αποτελέσματα της αναζήτησης.