Ano ang isang Genome Browser?

Ang isang genome browser ay isang web interface na ginamit upang tingnan ang pisikal na mapa ng isang kromosoma.Ipinapakita ng mapa na ito kung magkano ang naghihiwalay sa DNA ng dalawang gen, tulad ng sinusukat sa mga pares ng base.Ang mga chromosome ng tao ay saklaw ng laki mula sa 50 milyon hanggang sa higit sa 250 milyong mga pares ng base.Ang isang genome browser ay nagpapakita ng mga representasyon ng eskematiko ng buong chromosome pati na rin naka -zoom sa mga eskematiko ng mga solong gen at kahit na ang aktwal na pagkakasunud -sunod ng pares ng base.Maraming mga browser ng genome ang nagpapahintulot sa gumagamit na mag -zoom in sa antas ng pagtingin sa aktwal na pagkakasunud -sunod ng DNA, bagaman ang tunay na utility ng isang browser ay nasa kakayahang tingnan ang mga gene sa kanilang mas malaking konteksto, sa halip na tingnan ang pagkakasunud -sunod ng DNA sa antas ng nucleotide.Ang average na laki ng isang gene ay 3,000 mga pares ng base, kaya kapag naka -zoom in sa antas ng pares ng base, ang gumagamit ay makakakita ng mas mababa sa isang buong gene.Ang pinakamalaking gene ng tao, ang Dystrophin, ay 2.4 milyong mga pares ng base na mahaba.

Bilang karagdagan sa pagtingin sa mga representasyon ng eskematiko ng mga gene, ang mga browser ng genome ay maaari ring magpakita ng iba pang kapaki -pakinabang na impormasyon.Maaari itong isama ang bahagi ng gene na isinalin sa protina, na tinatawag na mRNA, at mga pagkakasunud -sunod ng DNA na may mga pag -andar maliban sa coding para sa protina.Ang genome browser ay maaari ring ipakita kung aling mga segment ng DNA ang ginamit sa proseso ng pagkakasunud -sunod ng genome.

Ang isang malaking bilang ng mga organismo ay may sunud -sunod na mga genom.Walang iisang browser na pamantayan sa larangan ng genomics, kaya ang mga genome browser ay maaaring magkakaiba sa pagitan ng mga sunud -sunod na genom.Ang mga browser ng Genome ay may pag -andar ng kakayahang maghanap para sa mga gene o pagkakasunud -sunod ng interes, na nagpapahintulot sa gumagamit na tumalon mula sa isang genomic na lokasyon patungo sa isa pa.Hindi ito mahusay na mag -scroll sa isang chromosome upang makarating sa isang lokasyon ng interes, dahil sa napakalaking sukat ng karamihan sa mga kromosom.Ang tool na ito ay nagpapakita ng isang talahanayan ng mga gene na nauugnay sa bawat isa.Ang relasyon ay maaaring isa sa ilang mga uri: pagkakasunud -sunod ng homology, katulad na profile ng expression, o kalapitan ng genomic.Ang gumagamit ay naghahanap para sa isang gene gamit ang isang salita o parirala, pinipili ang uri ng relasyon na nais niya, at ipinapakita ng gene sorter ang mga resulta ng paghahanap.