Apa itu browser genom?

Browser genom adalah antarmuka web yang digunakan untuk melihat peta fisik kromosom.Peta ini menunjukkan berapa banyak DNA yang memisahkan dua gen, yang diukur dalam pasangan basa.Kromosom manusia berkisar dari 50 juta hingga lebih dari 250 juta pasangan basa.Peramban genom menunjukkan representasi skematik dari seluruh kromosom serta diperbesar dalam skema gen tunggal dan bahkan urutan pasangan basa yang sebenarnya.

Peramban genom memungkinkan pengguna untuk menggulir kromosom dan memperbesar lokasi tertentu.Banyak browser genom memungkinkan pengguna untuk memperbesar pada tingkat melihat urutan DNA yang sebenarnya, meskipun utilitas nyata browser berada dalam kemampuan untuk melihat gen dalam konteks yang lebih besar, daripada melihat urutan DNA pada tingkat nukleotida.Ukuran rata -rata suatu gen adalah 3.000 pasangan basa, jadi ketika diperbesar pada tingkat pasangan dasar, pengguna akan melihat kurang dari seluruh gen.Gen manusia terbesar, distrofin, adalah 2,4 juta pasangan basa.

Selain melihat representasi skematik gen, browser genom juga dapat menunjukkan informasi berguna lainnya.Ini dapat mencakup bagian gen yang diterjemahkan ke dalam protein, yang disebut mRNA, dan sekuens DNA yang memiliki fungsi selain pengkodean untuk protein.Browser genom juga dapat menunjukkan segmen DNA mana yang digunakan dalam proses pengurutan genom.

Sejumlah besar organisme telah mengurutkan genom.Tidak ada browser tunggal yang merupakan standar untuk bidang genomik, sehingga browser genom dapat bervariasi antara genom berurutan.Browser genom memiliki fungsi untuk dapat mencari gen atau urutan yang menarik, memungkinkan pengguna untuk melompat dari satu lokasi genom ke yang lain.Tidak akan efisien untuk menggulir kromosom untuk sampai ke lokasi yang menarik, karena ukuran yang sangat besar dari sebagian besar kromosom.

Beberapa browser genom memiliki alat yang disebut Sorters Gene.Alat ini menampilkan tabel gen yang terkait satu sama lain.Hubungan tersebut dapat berupa salah satu dari beberapa jenis: homologi urutan, profil ekspresi yang serupa, atau kedekatan genomik.Pengguna mencari gen menggunakan kata atau frasa, memilih jenis hubungan yang dia inginkan, dan Gene Sorter menampilkan hasil pencarian.