Mi az a genom böngésző?

A genom böngésző egy olyan webes felület, amelyet a kromoszóma fizikai térképének megtekintésére használnak.Ez a térkép megmutatja, hogy a DNS mennyire választja el a két gént, az alappárokban mérve.Az emberi kromoszómák mérete 50 millió és több mint 250 millió bázispár között mozog.A genom böngészője a teljes kromoszómák vázlatos ábrázolását mutatja, valamint az egyes gének vázlatában, sőt a tényleges bázispár szekvenciájában is nagyítva.Számos genom böngésző lehetővé teszi a felhasználó számára, hogy a tényleges DNS -szekvencia megtekintésének szintjén nagyítson, bár a böngésző valódi hasznossága képes a gének nagyobb kontextusban történő megtekintésére, ahelyett, hogy a DNS -szekvenciát nukleotidszinten tekintené.A gén átlagos mérete 3000 alappár, tehát ha az alappár szintjén nagyítva, a felhasználó kevesebb, mint egy teljes gént fog látni.A legnagyobb emberi gén, a dystrophin, 2,4 millió bázispár hosszú.Ez magában foglalhatja a gén részét, amelyet proteinre, mRNS -nek neveznek, és a DNS -szekvenciák, amelyek a fehérje kódolásától eltérő funkciókkal rendelkeznek.A genom böngésző megmutathatja azt is, hogy a genom szekvenálásának folyamatában mely DNS -szegmenseket használták.Nincs egyetlen olyan böngésző, amely a genomika területén alapos, tehát a genom böngészők szekvenált genomok között változhatnak.A genom böngészőknek képesek arra, hogy géneket vagy érdeklődésre számot tartó szekvenciákat keressenek, lehetővé téve a felhasználó számára, hogy az egyik genomi helyről a másikra ugorjon.Nem lenne hatékony egy kromoszómán átmenni, hogy a legtöbb kromoszóma nagyon nagy mérete miatt elérje az érdeklődő helyet.Ez az eszköz egy gének táblázatot jelenít meg, amelyek egymással kapcsolatban állnak.A kapcsolat lehet a többféle típus egyike: szekvencia -homológia, hasonló expressziós profil vagy genomi közelség.A felhasználó egy gént keres egy szóval vagy kifejezéssel, kiválasztja a kívánt kapcsolat típusát, és a génszíni a keresés eredményeit jeleníti meg.