Trình duyệt bộ gen là gì?

Trình duyệt bộ gen là giao diện web được sử dụng để xem bản đồ vật lý của nhiễm sắc thể.Bản đồ này cho thấy bao nhiêu DNA phân tách hai gen, được đo thành các cặp cơ sở.Nhiễm sắc thể của con người có kích thước từ 50 triệu đến hơn 250 triệu cặp cơ sở.Trình duyệt bộ gen cho thấy các biểu diễn sơ đồ của toàn bộ nhiễm sắc thể cũng như phóng to sơ đồ của các gen đơn và thậm chí trình tự cặp cơ sở thực tế. Trình duyệt bộ gen cho phép người dùng cuộn qua một nhiễm sắc thể và phóng to ở một số vị trí nhất định.Nhiều trình duyệt bộ gen cho phép người dùng phóng to ở cấp độ xem trình tự DNA thực tế, mặc dù tiện ích thực sự của trình duyệt là trong khả năng xem các gen trong bối cảnh lớn hơn của chúng, thay vì xem chuỗi DNA ở cấp nucleotide.Kích thước trung bình của một gen là 3.000 cặp cơ sở, vì vậy khi được phóng to ở cấp cặp cơ sở, người dùng sẽ thấy ít hơn toàn bộ gen.Gen người lớn nhất, dystrophin, dài 2,4 triệu cặp cơ sở. Ngoài việc xem các biểu diễn sơ đồ của gen, trình duyệt bộ gen cũng có thể hiển thị thông tin hữu ích khác.Điều này có thể bao gồm phần của gen được dịch thành protein, được gọi là các chuỗi mRNA và DNA có các chức năng khác ngoài mã hóa protein.Trình duyệt bộ gen cũng có thể cho thấy các phân đoạn DNA nào đã được sử dụng trong quá trình giải trình tự bộ gen. Một số lượng lớn các sinh vật đã giải trình tự bộ gen.Không có trình duyệt duy nhất là tiêu chuẩn cho lĩnh vực genomics, vì vậy trình duyệt bộ gen có thể khác nhau giữa bộ gen được giải trình tự.Các trình duyệt bộ gen có chức năng có thể tìm kiếm các gen hoặc trình tự quan tâm, cho phép người dùng nhảy từ vị trí bộ gen này sang vị trí khác.Sẽ không hiệu quả khi cuộn qua một nhiễm sắc thể để đến một vị trí quan tâm, vì kích thước rất lớn của hầu hết các nhiễm sắc thể. Một số trình duyệt bộ gen có các công cụ gọi là bộ điều chỉnh gen.Công cụ này hiển thị một bảng các gen có liên quan với nhau.Mối quan hệ có thể là một trong một số loại: tương đồng trình tự, hồ sơ biểu hiện tương tự hoặc sự gần gũi về bộ gen.Người dùng tìm kiếm một gen bằng cách sử dụng một từ hoặc cụm từ, chọn loại mối quan hệ mà anh ta hoặc cô ta muốn và bộ sắp xếp gen hiển thị kết quả tìm kiếm.